矿山生态修复决不仅仅是自然生态系统的修复，还要考虑与自然生态系统相匹配的经济、社会系统的修复。
    第一，矿山环境治理恢复保证金制度适用范围不够宽。目前全国多数省已经建立矿山环境治理恢复保证金制度，均规定保证金只适用于新建矿山企业，或新矿山开发新产生的破坏。而对于历史遗留的矿山环境治理与生态恢复成本仍然纳入保证金的范畴。
    第二，现行矿产资源补偿费没有体现生态环境补偿的政策含义。我国矿产资源补偿费的开征目的是为了保障和促进矿产资源的勘查、保护与合理开发，维护国家对矿产资源的财产权益，仅仅将资源补偿费作为调整国家和矿产资源开发利用者之间的经济利益关系的手段。因此，国家将补偿费的开支主要集中于矿产资源勘探成本补助上(不低于70%)，并适当用于矿产资源保护支出和矿产资源补偿费征收部门经费补助预算，而环境治理和生态恢复所需要的资金没有纳入补偿费的支出范围。
    第三，矿产资源补偿费征收标准过低，未能随矿产资源价值、市场情况变动。中国的石油、天然气、煤炭、煤成气等重要能源的补偿费都只有1%，而国外石油天然气矿产资源补偿费征收率一般为10%至16%，即使是美国这样一个矿产资源远比中国丰富的国家，其石油、天然气、煤炭(露天矿)权利金费率也高达12.5%。
    第四，矿山环境治理与生态恢复中央专项资金资助范围有限，资金总量小，地方配套困难。当前，中央矿山环境治理的专项资金来源主要是矿产资源补偿费和矿权使用费与价款，但是中央下达的专项资金估计只占三项收费收入的10%-20%，占矿山历史所创利税的1%，可见总体投资量不大。相对于老旧矿山环境治理和生态修复实际资金需求，中央投入的资金远远无法满足需要。此外，矿山环境治理与生态恢复中央专项资金要求地方政府和企业配套，但由于有的地方政府和企业财力有限等原因，实际到位配套率不高。
    第五，部门经费整合效果不佳，部门间协调难度大。矿区生态破坏问题不单纯是土地破坏问题，还涉及污染和森林植被破坏等多个方面。我国《森林法》、《土地复垦条例》、《水土保持法》、《土地管理法》以及《环境保护法》均规定了各级政府和矿山企业对矿山环境和生态恢复的法律责任，并赋予了林业、土地、水利、环保等部门依法收取相关费用(如植被补偿费等)的权力。但是，从矿山环境治理和生态恢复的资金来源的实际情况看，目前只有国土资源管理部门一家“孤军奋斗”，其他部门基本上置身度外，没有为矿山环境治理和生态修复工程提供过应有的资金支持。

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