若稀土开发不善，甚至滥挖滥采不仅会给国家经济上造成巨大的损失，也会对整个生态环境造成很大程度的破坏，特别是在采矿、炼油、回收稀土后若不对环境进行妥善的管理，对环境产生影响将会非常严重。其中最为严重危害就是来自稀土元素钍和铀的轻度放射性浆尾矿。另外，毒酸是精炼稀土元素过程中的必须辅料，处理不得当将导致大范围的环境破坏。一系列的环境问题包括水土流失，山体滑坡，地面裂缝和沉降、良田被毁、矿区水源富营养化、重金属污染等问题将接踵而至。
　　具体危害如下：
　　与稀土伴生的钍和铀具有强放射性，是核武器的主要原料。氟碳铈矿虽被认为放射性较低，但这只是相对于独居石而言，开采和提炼仍都存在放射性污染的可能。放射性污染问题，是稀土生产最受到许多国家和国际环保主义者指责的一个因素。
　　稀土矿提炼分离需要消耗大量硫酸或液碱，而提炼完成后的这些硫酸或液碱将会对环境造成严重的污染。
　　离子吸附型稀土矿提炼过程中产生的大量废水、废渣严重破坏了当地土壤和水源。
　　在内蒙古自治区包头市郊区，包钢稀土形成的稀土废渣随废液通过管道输送到尾矿坝堆积，日积月累形成了目前容量达1.7亿吨的"稀土湖"，环境污染严重。
　　部分稀土矿区已不宜居住
　　赣州稀土开采一度使用池浸工艺，即所谓的"搬山运动"，像剃头一样，将山体表层土壤和植被搬走，采挖稀土，这对山体植被造成难以修复的破坏。另外，浸出、酸沉等工序产生的大量废水富含氨氮、重金属等污染物，严重污染饮用水和农业灌溉用水。据矿区内居民称，原来她家的井水很好喝，一些邻居会特地过来打水，可自从屋后有人开采稀土后，井里的水就被污染了，现在井已经成为摆设。揭开结满蜘蛛网的井盖，一股刺鼻的味道迎面扑来，打上来的水呈棕褐色。"拿去化验，说是有毒，不能喝了，浇了菜都会死。"现在只好到别处去挑水喝，来回至少要半个小时。
　　不只是赣州，很多稀土产区周边地区的生态都遭到严重破坏，有的甚至被贴上“不适合人类居住”的标签。一些地区甚至连井水都被污染，当地居民的健康受到严重影响，恶性疾病高发；另一方面，不少稀土产区环境修复成本极其高昂，环境与资源代价往往超过收益，以江西赣州为例，稀土长期开采留下了大片废弃矿山及环境污染。当地政府估计，要治理稀土开采所带来的污染，需要投入380亿元，而去年江西省全省稀土企业实现利润不过65亿元，而2010年的收入为15亿元。据悉在2009年前，因为价格低廉，我国稀土行业一直利润微薄，直到前年因价格大涨稀土行业才开始挣钱。这意味着，整个江西稀土企业几十年的利润，都远远填补不了380亿元这个巨大的治污黑洞。

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