原生动物是单细胞动物，从原则上讲，在亿万年的发展过程中，首先是由无机物发展到简单的有机物由简单的有机物发展到复杂的有机物，发展成像蛋白质、核酸等那样复杂的大分子，发展出具有新陈代谢机能、但还无细胞结构的原始生命。这是最初的生活物质、生命形态。以后又经过漫长的年代，才由非细胞形态的生活物质发展成为有细胞结构的原始生物。由原始生物近代发展分化出原始的动物和植物。进而发展成现代的形形色色的原生动物。

　　在原生动物这四纲中哪一类是最原始的：过去有些人认为肉足纲变形虫这一类动物是最原始的。因为其结构简单，可是它是吞噬性营养，它需要吃其他原生动物或植物等，所以它不会是最早出现的。纤毛纲结构比较复杂，且为吞噬性营养，也不可能是最早出现的。孢子纲的动物全是寄生的，寄生的种类是由独立生活的种类发展而来的，因此也不可能是最早出现的。只有鞭毛纲具有3种营养方式，因此一般认为鞭毛细是原生动物中最原始的一纲。

　　在鞭毛纲中到底是哪一类最早出现的这个问题还有争论。过去有些人认为最目出现的是有色鞭毛虫。因为它可以自己制造食物，但因为色素体结构比较复杂，不可能想象最早出现存如此复杂的结构。所以又有些人认为最早出现的不是有色鞭毛虫，而是无色渗透性营养的鞭毛虫，因为无色渗透性营养的鞭毛虫一般构造比较简单，这种说法看来可以被接受。因为物质的发展是由简单到复杂，而在单细胞动物出现以前，已经存在着有机物的条件，当然并不是说由现在的无色鞭毛虫发展来的，而可能是有些类似现在的无色鞭毛虫,假定把它叫做原始鞭毛虫。由原始鞭毛虫经过漫长的岁月，形成现在的形形色色的鞭毛虫。现在有人认为领鞭毛虫是最原始的，它是所有多细胞动物的祖先。

　　肉足纲也是从原始鞭毛虫发展来的，因为很多肉足虫如有孔虫，其配子具鞭毛，根据生物发生津，说明其祖先是具鞭毛的。又某些种类如变形鞭毛虫具鞭毛和伪足,这可说明鞭毛虫与肉足虫亲缘关系密切。纤毛虫可能是从原始鞭毛虫发展成鞭毛虫的过程中，又分出一支形成的，因为纤毛与鞭毛的结构是一致的说明这二纲的关系较近。孢子纲因全为寄生的，追溯其来源较困难。大致可看出有两个来源如疟原虫、球虫，其配子都具鞭毛，可能来源于鞭毛纲，而粘孢子虫，其营养体全为变形体，可能来源于肉足纲。

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