一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物－动物”性的类群,称为古代的植鞭毛虫。从古代植鞭毛虫分为几个不同的根株，每个根株上升到现代原生动物的祖先。这是一种多系统的理论。有人认为从古代植鞭毛虫演化为肉足虫。孢子虫是双重起源的，一类起源于肉足虫，一类起源于动鞭毛虫。纤毛虫直接起源于鞭毛虫，只是还说不清楚大、小核的分化和接合生殖的演化。无论哪种观点都是从现代的原生动物中进行推测，缺乏充分的根据。经典的分类把原生动物门分为 4个纲──鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲和纤毛虫纲。随着发现种类的增加，新技术（如电子显微镜等）的应用，分类学家对原生动物传统的分类系统进行了修正。比较一致的有：

　　①鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为肉鞭动物亚门。②传统的孢子虫纲内有些种类的生活史中并不出现孢子，应当分出来。电子显微镜观察发现某些种类在子孢子或裂殖子时期其顶端有一个复杂的亚显微结构──由极环、类椎体、表膜下微管、微孔、棒状体、微丝组成的顶复体,因而将其独立为顶复动物亚门,与微孢子虫亚门、粘体动物亚门、囊孢子虫亚门并列。③传统的分类中把盘蜷虫类放在肉足纲内。现已证明它的丝网并不是伪足，而是坚硬的、无生命的丝，因而独立为盘蜷动物亚门。下列的分类系统主要参照原生动物学家协会分类和进化委员会主席N.D.莱文于1980年与16位分类学家协商的一个方案。本文把该方案中7个门下降为7个亚门、亚门下降为超纲，在肉足超纲内设有纲、亚纲和总目，原生动物仍作为一个门：

　　原生动物门(Protozoa)

　　肉鞭动物亚门(Sarcomastigophora)

　　鞭毛总纲(Mastigophora)

　　植鞭毛纲(Phytomastigophorea)

　　隐滴虫目(Cryptomonadida)

　　腰鞭目(Dinoflagellida)

　　眼虫目(Euglenida)

　　金滴虫目(Chrysomonadida)

　　异鞭目(Heterochlorida)

　　绿滴虫目(Chloromonadida)

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